深势科技携手英特尔oneAPI及阿里云打造基于LAMMPS样例的性能优化实践
深势科技是“AI for Science”科学研究范式的引领者和践行者,我们开创性地提出了「多尺度建模+机器学习+高性能计算」的革命性科学研究新范式,并推出了Hermite®药物计算设计平台、Bohrium®微尺度科学计算云平台等微尺度工业设计基础设施,可大幅提高从医药和材料行业到学术界各类实验室的生产力。
对于LAMMPS(大规模原子分子并行模拟器)平台而言,工作负载需要模拟纳米簇、金属、聚合物等材料以及生长、切割和融合等动态过程。采用英特尔®硬件、oneAPI以及阿里云弹性高性能计算(E-HPC)平台服务,深势科技(DP Technology)优化了模拟工作负载的性能。

LAMMPS工作负载因固有的模拟复杂性和不断变化的动态而极具挑战性。为了运行LAMMPS工作负载,深势科技将阿里巴巴弹性高性能计算平台服务和英特尔硬件组合使用。在利用英特尔®oneAPI DPC++/C++编译器和英特尔®MPI库进行优化,并使用英特尔®VTune Profiler(在英特尔®oneAPI Base Toolkit和英特尔®oneAPI HPC Toolkit中提供)进行性能分析后,深势科技将LAMMPS工作负载的性能提升了16.2%。在调优进程和线程组合后,与使用GCC与MPICH的原有深势科技代码相比, 性能则提升了大约45.2%。
阿里云高性能计算解决方案产品经理陶锦中表示:“弹性高性能计算为个人用户、教育和科研机构以及公共机关提供了一个快捷、灵活且安全的云计算平台。结合英特尔oneAPI工具包,弹性高性能计算可以帮助客户在英特尔®至强®可扩展处理器上构建一个高效的分析计算平台。”


